За допомогою активованого вугілля можна витягнути з води розчинені гази, усунути запах і колір води, усунути деякі високомолекулярні органічні сполуки — феноли, білки, гумати, залишки лікарських засобів та продукти їхнього розпаду. Перед закладанням до фільтру вугілля обробити кип'ятком для його активації та видалення лишнього вугільного пилу. Час заміни в кожному акваріумі індивідуальний. Це також залежить від забруднення води (кількості, розміру й кількості населення), від швидкості забруднення (вида і дози корму). Якщо вугілля використовували для очищення медикаментів, його потрібно змінити.